南京农业大学成人高等教育起步较早，从1957年起就开办了函授农学专业本科班和特别班。1983年经原国家教委、农牧渔业部批准，成立了中央农业管理干部学院南京农学院分院，后更名为中央农业干部教育培训中心南京农业大学分院。1992年成立成人教育学院，2010年3月更名为继续教育学院。
目前，继续教育学院和中央农业干部教育培训中心南京农业大学分院两块牌子，一套班子。下设办公室、培训科、教务科、招生自考办公室及远程教育科五个科级管理机构，专门负责学校成人学历教育和非学历教育（各类培训）的办学和管理。
学历继续教育：成人教育:办学形式有函授、业余，办学层次有高起本、专升本、高起专，本、专科专业共30多个，涉及农、工、理、管理、经济等门类。现有各类成人学历教育在读学生16000余人，在籍学生数居全国农业院校和江苏省高等院校前列。学院本着合理布局、优势互补的原则，在全国建立了一批函授站和教学点，有效地实施了校校、校企、校地联合办学，取得了良好的社会效益和经济效益。自学考试：我校是江苏省自学考试《农艺》、《企业管理》、《农业经济管理》、《金融》、《国际贸易》、《现代农业管理》六个专业的主考学校，目前还开办了《日语》、《现代农业管理》、《现代园艺》、《财务管理》四个“专接本”专业及《金融》、《财务管理》、《园林》三个“助学二学历”专业。学院积极参与江苏省面向农村自学考试实验区工作，承担了三大类六个专业方向的主考任务。
非学历继续教育(各类培训)：学院主要面向农业系统领导干部、农业技术推广人员、新型职业农民、农村实用人才、中等农业职业学校骨干教师等开设了40余项培训项目。先后被农业部确定为“农业部现代农业技术培训基地” 、“农业职业技术教育培训示范基地”；被江苏省委组织部认定为“江苏省干部教育培训高校基地”，被江苏省教育厅确定为“江苏省中等职业教育师资培养培训基地”；被南京市委组织部选定为“南京市处级干部进高校培训”首批高校、被新疆克州党委组织部认定为“克州干部赴内地培训基地”，学院将充分发挥学校的优质教育教学资源，结合学校科技成果的推广和转化，与部省共同建设好培训基地，为“三农”培训更多的优秀人才。
近年来，学院为全面适应二十一世纪社会经济对人才培养的需求，努力转变办学思想，更新教育观念，以质量求发展，不断开拓办学思路，形成了以成人学历教育和岗位、技能培训等非学历教育并重的全方位、多渠道、多层次、多形式的办学体系。
新时期，社会赋予了成人高等教育新的使命和任务。学校成人高等教育将深入贯彻落实科学发展观，坚持正确的办学方向，进一步强化学历教育与非学历教育并举发展的思路，在不断提高教育质量的道路上，不断开拓进取，再造新优势，再创新辉煌，力争为我国经济建设和社会发展培养更多高质量的专门人才。